DinaNyt nr. 1, juni 2000

Du læser i første nummer af  DinaNyt, et uformelt nyhedsblad, der to gange om året orienterer om fremtidige arrangementer, synspunkter samt andet stof af interesse for Dina-folk.

Nordisk ph.d.- sommerskole

Differential Equations and Dynamic Systems in Agriculture

Tid: 20. - 31. august 2000
Sted: Tune Landboskole
Leder: prof. Per Chr. Hansen, DTU
Arrangør: Dinas Forskerskole

Sommerskolen giver en bred introduktion til matematisk modellering af dynamiske systemer via sædvanlige differentialligninger - med eksempler fra jordbruget. Der præsenteres moderne computerbaserede metoder til løsning af differentialligninger, hvor vi bruger specialiseret software eller passende moduler af generelle systemer.

Efter kurset kan deltagerne formulere simple dynamiske modeller og vurdere præcision og kvalitet af en numerisk beregnet løsning.

Hovedemner på sommerskolen er:

• matematisk modellering af dynamiske systemer, der kan beskrives med sædvanlige differentialligninger
• model-implementering på computer
• brug af det resulterende system til simulering og parameteridentifikation
• evaluering af de beregnede resultater mht  præcision og validitet.

Emnerne illustreres med en række eksempler fra jordbruget. Der bliver også gæsteforelæsninger om beslægtede emner, heriblandt stokastiske differentialligninger.

Gennem hele forløbet vil teorien blive suppleret med øvelser og brug af computer. De sidste to dage skal deltagerne arbejde på et lille  projekt, der indebærer både modellerings- og beregningsmæssige aspekter.

Dina Kalender
Juni 2000 - juni 2001

De fleste af arrangementerne er omtalt nærmere andetsteds i DinaNyt 1.

20/8 - 31/8 2000
Nordisk  ph.d.-sommerskole

20/9 2000
Dina Workshop:
Stokastisk modellering i planteavl

6/10 2000
Dina Workshop:
Genkortlæsning og markørassisteret selektion

2/11 2000
Dina Workshop:
Spatial statistics in agriculture

7/12 - 8/12  2000
ph.d.-workshop:
Digital billedbehandling

1/3 - 2/3 2001
Dina & DSIJ årsmøde 2001

26/4 - 27/4 2001
ph.d.-workshop:
Optimering

10/5 2001
Dina Workshop:
Internetbaseret rådgivning

18/6 - 21/6 2001
EFITA Conference 2001

Leder:

Dina Forskerskole: biologi og informatik

Dinas nye profil sætter større fokus på forskerskolen, Dina Research School, som i sin korte levetid har slået sit navn fast og skabt aktiviteter, der er blevet værdsat. Men det skorter ikke på nye udfordringer. Forskerskolen har imødekommet nogle behov - men derved er andre behov, som endnu ikke dækkes, blevet erkendt.

Dina er gået i gang med noget, dataloger og matematikere på danske universiteter for længst burde have gjort, nemlig - på linje med statistikerne - at etablere et udbud af ph.d.-kurser i  informatik, hvor målgruppen er biologer af alle typer. Biologer har brug for at kunne anvende moderne informatik, og det er en stor udfordring for dem og for os, der har informatik som hovedinteresse. Men informatikmiljøerne har hidtil sat flest kræfter ind på forskertalenter i egne rækker.

Lærerne på forskerskolens ph.d.-workshops og kurser oplever den tilfredsstillelse, der er at videregive sin faglige viden til dygtige unge forskere med en anden faglig baggrund, unge der er ivrige efter at bringe ny teori og nye metoder  i spil på deres egen boldgade. Det giver ikke i sig selv lærerne videnskabelig ‘credit’, men der er en voksende forståelse i det akademiske bagland for værdien af, at fag formidles til andre fag. Desuden: når forskere og ph.d.-studerende fra forskellige discipliner mødes, er der betydelig fare for opkomst af nye tværgående ideer, for teoretisk og metodisk nyudvikling.

Andre typer af forskerskoler, der kan støtte sig til en veletableret faglig tradition, har lettere ved at vifte med de akademiske faner og blive udnævnt til ‘centers of excellence’. Dina Research School går nye og lidt mere jordnære veje, hvor vægten lægges på det metodiske. Men det er et stort ønske hos Dina, at de målrettede kurser kan suppleres med stipendier knyttet direkte til skolen, til start f.eks. 5 om året i en 3-års periode. Fordelt i konkurrence blandt de bedste steder i Dina-netværket kan stipendierne blive et vigtigt bidrag til hele samspillet mellem informatik og jordbrug.

Dina vil sammen med forskerskolen til efteråret indkalde til en rundbordssamtale med en række nøglepersoner fra de danske universiteter, IT-højskoler og medlemsinstitutioner for at kortlægge en række biologiske fagområders behov for ph.d.-kurser i informatik.
                                                                                                                                                                                                                                /MFJ

Dinas website

hedder www.dina.dk, og den kan vi naturligvis varmt anbefale, at du kigger på med jævne mellemrum. Vi har ikke ressourcer til at udforme den i smart, avanceret design, men vi mener, den giver sober og udtømmende besked om det meste af, hvad Dina står, herunder om kommende arrangementer. Der er ingen grund til at fortælle nærmere om indholdet - surf selv!

Lige udkommet:

Dina 1991 - 1999.
Eds. Mogens Flensted-Jensen, Poul Einer Hansen & Iver Thysen. Dina 2000.

Rapporten beskriver (på engelsk), hvordan Dina opstod, hvad netværket har udrettet i sit første tiår, og hvad forventningerne til fremtiden er. Med tabeller, case stories og illustrationer kommer den - synes vi selv - smukt udstyrede publikation op på 54 sider. En webversion findes her.

Dina 1991 - 1999: Publications.
Eds. Mogens Flensted-Jensen, Poul Einer Hansen & Iver Thysen. Dina Notat no. 85, Maj 2000.

Den ekstensive fortegnelse over Dina-relevante publikationer findes også på papir. Vi regner dog med, de fleste vil bruge web-versionen.

IT-indsatsområder

Vi giver en oversigt over Dinas fem “priotity research areas”, herunder planlagte workshops o.lign.

Spatial Statistics in Agriculture

IT-koordinatorer:
Morten Larsen, Dina KVL; Rasmus Waagepetersen, Dina DJF

Dina  workshop
2. november 2000, Aalborg Universitet
Spatial statistics in agriculture

Workshoppen (der vil blive gennemført på engelsk) fokuserer på anvendelser af rumlig statistik i jordbruget samt på teoretiske aspekter af rumlig statistik.

Information Technology and Agricultural Engineering

IT-koordinatorer:
Anders P. Ravn, Dina Aalborg; N.N., Dina DTU.

(Området er under reorganisering).

Internet-based Advisory Systems in Agriculture

IT-koordinator:
Henrik Kjær Nielsen , Dina Skejby; Ellen J. Christensen, Dina FSL.

Worhshop blev afholdt i forbindelse med Dinas årsmøde i marts. Næste workshop er planlagt at skulle finde sted 10. maj 2001.

Der skal vælges en ny IT-koordinator på Dina Skejby, da Henrik Kjær Nielsen har fået nyt job.

Model-based Decision Support Systems in Agriculture

IT-koordinatorer:
Erik Jørgensen, Dina DJF; Allan Leck Jensen, Dina DJF.

Dina workshop
20. september 2000, Forskningscenter Foulum

Stokastisk modellering i planteavl. Problemstillinger og løsningsmetoder
Planteproduktion påvirkes stærkt af usikre faktorer - vejret, sygdomsudbrud, rumlig variation osv. Alligevel er brugen af stokastiske modeller til beslutningsstøtte meget begrænset, mens sådanne modeller bruges meget i f.eks. husdyrbrug.

Hvordan kan det være? Hvad er det for typer af problemstillinger med usikkerhed, man møder i planteavl? Hvilke løsningsmetoder findes der? Hvilke praktiske erfaringer er der gjort? Hvad mangler der, for at vi kan få gode, operationelle anvendelser af stokastisk modellering i dansk planteavl?

Alt det vil vi diskutere på workshoppen 20. september.

Bioinformatics and Quantitative Genetics

IT-koordinatorer:
Gunter Backes, Dina Risø; Mogens Sandø Lund, Dina DJF.

Dina  workshop
6. oktober 2000, Forskningscenter Foulum.

Genkortlægning og markør assisteret selektion  - metoder og analyser for planter og husdyr.

De seneste års eksplosive udvikling i DNA teknologi har gjort det muligt at bruge store mængder information om genetisk variation på DNA niveau. Denne information kan bl.a. udnyttes til at identificere områder på genomet, som indeholder gener med indflydelse på målbare egenskaber - samt generelt i avl.

Der er tale om et særdeles aktivt forskningsområde i husdyr- og plantegenetik. Workshoppen vil indeholde bidrag omkring statistiske metoder til genkortlægning og udnyttelse af DNA information i avlen, samt analyser af eksperimentielle data.

Pl@nteInfo

Med folk på Forskningscenter Foulum og Landbrugets Rådgivningscenter, Skejby i hovedrollerne er der, delvis i Dina regi, udviklet en stærk og særdeles populær website, hvor planteavlere over hele landet kan hente dagsaktuel og geografisk specifik information om det meste af, hvad de har brug for. Prøv selv at kigge på www.planteinfo.dk - eller find den på www.landbrugsinfo.dk.

DSIJ og Dina

DSIJ, Dansk Selskab for Informatik i Jordbruget, har som antydet i navnet et klart interessefællesskab med Dina, og der er da også mange personer, som er aktive begge steder. Dina og DSIJ har besluttet at forene kræfterne overalt, hvor det virker fornuftigt, og blandt andet holder vi fælles årsmøde  - første gang i år, 16.-17. marts 2000 på Fuglsø Centret på Mols. Temaerne var: Portaler på Internettet samt Multimedie. Der deltog ca. 60 personer i det vellykkede arrangement.

DSIJ & Dinas næste årsmøde finder sted 1.- 2. marts 2001.

EFITA

Dina var en af hovedaktørerne, da European Federation for Information Technology in Agriculture, Foods and the Environment (EFITA) blev dannet i 1997. Dina var desuden vært for sammenslutningens første konference, der fandt sted på KVL i juni samme år. Danmark er medlem af EFITA gennem DSIJ, se ovenfor. I 1999 fandt den 2. EFITA konference sted i Bonn, og nr. 3 er planlagt til 18.-20. juni 2001 i Montpellier, Frankrig. Se websiten
www.efita.dk.

Bioinformatik

En deltager giver sit syn på Dina Forskerskoles ph.d.-workshop på Koldkærgård, 6-7 April 2000

Det var første gang,  jeg deltog i et Dina kursus, men fremover vil jeg holde skarpt øje med disse.

Bioinformatikkurset strakte sig over en eftermiddag og aften samt næste formiddag. Der var en gemytlig stemning, og lærerne var fagligt kompetente folk, som kunne formidle matematikkken bag forskellige programmer - der især handlede om sekvensanalyse - uden at tabe tilhørerne i svinget.

Vi fik at vide, hvor vigtigt det er, at de forskellige fagområder bindes sammen. Skal det lykkes, må praktikeren og teoretikeren mødes og lære lidt af hinandens sprog.

Kursusmaterialet var meget konkret og sigtede på, at vi fik en slags guide med hjem til, hvor og hos hvem i Danmark man kan hente hjælp til problem inden for bioinformatik. At der var indlagt praktiske øvelser, og at man havde gode muligheder for at stille spørgsmål, gjorde en positiv forskel i forhold til andre, rent teoretiske kurser.

De praktiske øvelser gjorde brug af hjemmeside og programmel, udarbejdet af Peter Sestoft fra Dina KVL. Programmellet er en kærkommen ny brugerflade til Phylip, som jeg vil arbejde videre med fremover.

Sidst, men ikke mindst kunne kursisterne melde sig til en Bioinformatik mailingliste under Dina. Det vil gøre det lettere for os at komme videre med de spørgsmål om bioinformatik, der dukker op fremover. Desuden kunne vi blive medlemmer af et forum, hvor vi løbende får tilsendt oplysninger om Dinas workshops og andre kurser.
                                                                                                                                                                                                                            /Lotte Dahl
Lotte Dahl er ph.d..-studerende ved KVLs Institut for Veterinær Mikrobiologi, Afdeling for Virologi og Immunologi.

DinaNyt nr. 1 udgives på KVL. Redaktion: Mogens Flensted-Jensen (ansv.) og Poul Einer Hansen, peh@kvl.dk
Author: webmaster. Updated: March 2001.